五月十三日衛(wèi)生院院址遷移到南門里城隍廟廣徐家院（現軍分區(qū)南院）。一九五一年成立濟北縣人民政府，同時衛(wèi)生院院址遷移至濟寧二十里鋪鎮(zhèn)，建立濟北縣二十里鋪醫(yī)院。一九五三年成立濟寧縣人民政府醫(yī)院改名為濟寧縣二十里鋪醫(yī)院。一九六二年縣市合并，醫(yī)院改名為濟寧市立第二人民醫(yī)院，一九六四年縣市分開，恢復濟寧縣二十里鋪醫(yī)院院名。一九六九年十二月份醫(yī)院從二十里鋪搬遷到市醫(yī)(二十里鋪醫(yī)院出20余人，現附院出病床30張)即原地醫(yī)療養(yǎng)院，院址為濟寧市紅星東路，院名為濟寧縣六二六衛(wèi)生防治院，一九七O年十二月份，經縣政府批準改名為濟寧縣人民醫(yī)院。一九八三年十月份，地改市后醫(yī)院收回大市所管，改名為濟寧市第三人民醫(yī)院，一九八七年七月份醫(yī)院改名為濟寧市第二人民醫(yī)院。一九八九年五月，醫(yī)院經市政府編委明確為副縣級衛(wèi)生事業(yè)單位。一九九O年五月，根據市政府決定，濟寧市第二人民醫(yī)院由市衛(wèi)生局負責業(yè)務、財政管理，由任城區(qū)政府負責人事、黨群事務管理。一九九四年醫(yī)院以全市很高分順利通過驗收，跨入全國二級甲等醫(yī)院行列。一九九四年經市衛(wèi)生局批準，濟寧市創(chuàng)傷治療中心在醫(yī)院正式成立。國家衛(wèi)生部陳敏章部長了解到市二院的輝煌成績后，欣然揮筆為醫(yī)院題詞：“發(fā)揚成績，再攀高峰”。二OO九年經市衛(wèi)生局批準濟寧市骨科醫(yī)院為醫(yī)院第二名稱。二O一O年九月任城區(qū)政府與山東大學齊魯醫(yī)院合作辦醫(yī)在市二院成立山東大學齊魯醫(yī)院濟寧分院。

近年來，醫(yī)院發(fā)展進入快車道，整體面貌發(fā)生了翻天覆地的變化。醫(yī)院占地面積2.2萬平方米，醫(yī)療用房建筑面積5.2萬平方米，開放床位650張，設有39個臨床醫(yī)技科室，在職職工700余人，其中衛(wèi)生技術人員490人，高級職稱120人，一批經驗豐富專家及中青年技術骨干已經形成了一支醫(yī)德高尚、醫(yī)術精湛的醫(yī)療隊伍。醫(yī)院在創(chuàng)傷綜合治療方面積累了豐富的臨床經驗，尤其是骨外科、手足外科、胸部微創(chuàng)治療等專業(yè)在魯西南有較大影響，是濟寧市的知名學科，“看骨科到二院”已在廣大群眾中廣為流傳。

2009年3月啟用的新外科大樓功能齊全、設施優(yōu)等，建筑面積為2.3萬平方米，配有中央空調、中心供氧、中心吸引、護士呼叫、空氣凈化、消防自動報警、自動噴淋和智能化自動控制等系統(tǒng)，手術室、重癥監(jiān)護室設施配備均達到國內先進水平，體現了以人為本的設計理念，能充分滿足患者的診療需求。醫(yī)院裝備有GE磁共振、螺旋CT、GMM數字胃腸X光機、愛克發(fā)X光數字成像系統(tǒng)、西門子數字減影X光機、史賽克胸腔鏡、腹腔鏡、施樂輝關節(jié)鏡、富士能電子胃鏡、東芝數字彩色多普勒超聲診斷儀、Drager呼吸機、紐邦呼吸機、人工腎機、萊卡手術顯微鏡、大型全自動生化分析儀等具有世界先進水平的醫(yī)療設備。

在“仁愛、敬業(yè)、嚴謹、創(chuàng)新”醫(yī)院精神的鼓舞下，開拓創(chuàng)新，奮發(fā)圖強，先后被評為“全國百姓放心示范醫(yī)院”、“山東省消費者滿意單位”、“山東十大百姓放心品牌醫(yī)院”、“濟寧市文明單位”、“市衛(wèi)生系統(tǒng)職業(yè)道德建設先進單位”、“新型農村合作醫(yī)療先進單位”、“慈善愛心單位”等榮譽稱號。

醫(yī)院學科體系完善，專業(yè)設置齊全，并形成了省、市、院三級重點學科群和一批特色專科。皮膚科是四川省甲級重點?？啤鷮幨行l(wèi)生局重點學科，燒傷科是濟寧市衛(wèi)生局重點學科，肝膽胰外科是濟寧市衛(wèi)生局重點學科（建設項目），放射介入是濟寧市衛(wèi)生局重點學科（建設項目），心血管內科、醫(yī)學影像科、神經外科為院級重點學科。有臨床碩士培養(yǎng)點8個。

全院職工繼承“勤慎服務，品德為先”的百年優(yōu)良傳統(tǒng),以科學發(fā)展觀為指導，不斷提高團隊素質、醫(yī)療服務質量和教學科研學術水平，推動醫(yī)院發(fā)展，努力按濟寧市衛(wèi)生發(fā)展規(guī)劃，建設現代化高水平城中醫(yī)療中心。